Но кроме отраслевого управления, они осуществляют и межотраслевое управление в отношении организационно не подчиненных им федеральных органов исполнительной власти. Федеральное министерство осуществляет межотраслевое управление путем координации деятельности этих органов только в случаях, установленных федеральными законами, указами Президента и постановлениями Правительства и касающихся сферы деятельности министерства. Для этого министерство наделено надведомственными полномочиями по отношению к объектам, не входящим в систему данного министерства. Например, Министерство здравоохранения наделено такими полномочиями в отношении тех федеральных министерств, государственных комитетов, служб и других федеральных органов исполнительной власти, в подчинении которых находятся соответствующие учреждения и организации здравоохранения.
Механизм межотраслевого государственного управления представлен на схеме 21.
Под межотраслевым (межведомственным или функциональным) управлением понимается исполнительная и распорядительная деятельность, осуществляемая органами государственного управления, наделенными надведомственными полномочиями по отношению к организационно не подчиненным им управляемым объектам, в ходе которой обеспечивается согласованность и единство действий этих объектов управления при решении общегосударственных или межотраслевых задач.
В отличие от отраслевого управления, представляющего собой совокупность вертикальных правоотношений, при межотраслевом (функциональном) управлении имеют место горизонтальные отношения, т.е. отношения субъектов и объектов управления, организационно не подчиненных друг другу. Межотраслевая исполнительная и распорядительная деятельность возложена в основном на государственные комитеты Российской Федерации (их десять) и федеральные комиссии России (их две: федеральная комиссия по рынку ценных бумаг и Федеральная энергетическая комиссия). Эти органы осуществляют на коллегиальной основе межотраслевую координацию по вопросам, отнесенным к их ведению, а также функциональное регулирование в определенной сфере деятельности. Государственный комитет, федеральную комиссию возглавляет соответственно председатель госкомитета, председатель федеральной комиссии. В их организационном подчинении отраслей управления, как правило, нет, а находятся лишь отдельные учреждения и организации, обеспечивающие выполнение возложенных на них межотраслевых функций.