Впервые в законодательном порядке регулируется деятельность иностранных миссионеров. Иностранные религиозные организации обязаны получить сертификат, а он, в свою очередь, выдается по ходатайству российской религиозной организации соответствующего вероисповедания.
Некоторые иностранные религиозные деятели нередко нарушают нормы российского законодательства о статусе иностранных граждан, порядке их регистрации и передвижения по стране. Поэтому постановлением Правительства от 2 февраля 1998 г. утверждено Положение о порядке регистрации, открытия и закрытия в Российской Федерации представительств иностранных религиозных организаций. Министерство юстиции РФ ведет реестр указанных представительств, открытых в Российской Федерации. Свидетельство о регистрации представительства является основанием для обращения открывшей его иностранной религиозной организации в дипломатические представительства или консульские учреждения РФ за получением визы на въезд в Россию иностранных граждан для работы в представительстве и в органы внутренних дел РФ для оформления регистрации этих граждан и членов их семей.
Федеральным законом от 26 сентября 1997 г. определены права и условия деятельности российских религиозных организаций, а также порядок осуществления надзора и контроля за исполнением ими законодательства.
Надзор за исполнением законодательства РФ о свободе совести, свободе вероисповедания и о религиозных объединениях возложен на органы прокуратуры.
Орган юстиции, зарегистрировавший религиозную организацию, осуществляет контроль за соблюдением ею устава относительно целей и порядка ее деятельности.
