Федеральный закон от 6 октября 1999 г. установил, что высший орган исполнительной власти субъекта Федерации разрабатывает и осуществляет меры по обеспечению комплексного социально-экономического развития субъекта федерации, участвует в проведении единой государственной политики в области финансов, науки, образования, здравоохранения, социального обеспечения и экологии; формирует иные органы исполнительной власти субъекта Федерации; осуществляет иные полномочия, установленные федеральными законами, конституцией (уставом) и законами субъекта Федерации, а также соглашениями с федеральными органами исполнительной власти, предусмотренными ст. 78 Конституции РФ.
Немалую роль в урегулировании соотношения компетенции федеральных и региональных органов исполнительной власти, в организации государственного управления играют Федеральные законы «О естественных монополиях», «О связи», «О государственном регулировании внешнеторговой деятельности», «Об образовании», «Об основах охраны труда в Российской Федерации» и др.
Однако следует отметить, что многие вопросы организационно-правового характера еще недостаточно регламентированы действующим законодательством. Это касается прежде всего форм и методов взаимодействия федеральных и региональных исполнительных органов, четкого разграничения их функций, полномочий и ответственности за результаты своей деятельности, без чего трудно решать проблемные вопросы, возникающие в процессе государственно-управленческой деятельности.