Комитет выполняет следующие основные функции:
выступает государственным заказчиком и осуществляет мероприятия по закупкам на конкурсной основе для федеральных государственных нужд молоди рыб для воспроизводства рыбных запасов;
проводит государственную рыбохозяйственную экспертизу;
организует изучение состояния водных биологических ресурсов, устанавливает научно обоснованный общий допустимый улов и режим промысла, разрабатывает и реализует комплексные мероприятия по воспроизводству водных биологических ресурсов, повышению биологической продуктивности внутренних водных объектов, территориального моря, континентального шельфа и исключительной экономической зоны Российской Федерации;
обеспечивает охрану (кроме территориального моря, континентального шельфа и исключительной экономической зоны Российской Федерации) и контроль за рациональным неистощительным использованием и воспроизводством водных биологических ресурсов;
участвует в пределах своей компетенции в осуществлении государственного контроля за соблюдением законодательства РФ в части охраны среды обитания водных биологических ресурсов;
защищает в установленном порядке интересы Российской Федерации в исключительных экономических зонах иностранных прибрежных государств в соответствии с международными договорами и соглашениями в области рыболовства, а также представляет в международных рыбохозяйственных организациях интересы Российской Федерации в области управления, сохранения и оптимального использования водных биологических ресурсов;
