Основными задачами Министерства являются:
разработка основ государственной политики в области здравоохранения, в том числе санитарно-эпидемиологического благополучия населения, разработка и реализация федеральных целевых программ по развитию здравоохранения, профилактике заболеваний, оказанию медицинской помощи, обеспечению населения лекарственными средствами, медицинской техникой и изделиями медицинского назначения;
организация оказания медицинской помощи населению;
осуществление государственного санитарно-эпидемиологического надзора;
санитарно-гигиеническое нормирование, координация и регулирование охраны здоровья населения в связи с воздействием на человека неблагоприятных факторов среды его обитания и условий жизнедеятельности;
координация, обеспечение методического руководства и осуществление взаимодействия государственной, в том числе находящейся в ведении федеральных органов исполнительной власти, муниципальной и частной систем здравоохранения;
организация проведения научных исследований, внедрение достижений науки и техники в медицинскую практику;
разработка нормативов и стандартов в области здравоохранения, включая медицинскую помощь, фармацевтическую деятельность, контроль за качеством предоставляемой населению медицинской помощи, производством, качеством, эффективностью и безопасностью лекарственных, диагностических, дезинфекционных средств, изделий медицинского назначения и медицинской техники, их регистрация, а также контроль за соблюдением нормативов и стандартов;