охрана здоровья матери, отца и ребенка;
профилактика инвалидности и медицинская реабилитация инвалидов;
обеспечение функционирования и развития функциональной подсистемы единой государственной системы предупреждения и ликвидации чрезвычайных ситуаций — Всероссийской службы медицины катастроф совместно с министерствами по чрезвычайным ситуациям, обороны, внутренних дел, путей сообщения и другими федеральными органами исполнительной власти.
Положением о Министерстве здравоохранения определены его функции в областях: комплексных проблем здравоохранения; профилактики заболеваний, медицинской помощи, инвалидности, медицинской экспертизы; обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения; охраны семьи, материнства, отцовства и детства; медицинского страхования.
В своей практической деятельности Министерство руководствуется действующим законодательством по вопросам охраны здоровья населения, а также федеральными программами, например, «Безопасное материнство», «Дети России», «Вакцинопрофилактика на 1999— 2000 годы и на период до 2005 года».
Федеральное управление медико-биологических и экстремальных проблем (Медбиоэкстрем), которое находится при Минздраве России, осуществляет полномочия по: медико-санитарному обеспечению работников отдельных отраслей промышленности с особо опасными условиями труда; медико-биологической оценке воздействия на организм человека особо опасных факторов физической и химической природы; государственному санитарно-эпидемиологическому надзору в обслуживаемых организациях, учреждениях, на обслуживаемых предприятиях и территориях, а также при выполнении пилотируемых космических полетов.