Правительство в решающей мере зависит от Президента, контролируется им и несет политическую ответственность перед ним. Он в любой момент, без каких-либо ограничений и сдержек, по собственному усмотрению может отправить в отставку Правительство, даже не уведомив об этом премьер-министра (как это было, например, с отставкой B.C. Черномырдина в марте 1998 г.). Избрание нового состава Государственной Думы не вызывает необходимость замены Правительства и его главы, в то время как избрание нового Президента непременно связано с этим. Формально, по Конституции РФ 1993 г., Президент РФ не является главой исполнительной власти, но это не означает, что его реальная роль в руководстве Правительством принципиально изменилась. Президент непосредственно направляет деятельность Правительства; его указы и распоряжения обязательны для исполнения Правительством; ряд важнейших министров находятся в непосредственном подчинении Президенту. Президент формирует и возглавляет Совет Безопасности и является Верховным Главнокомандующим Вооруженными Силами; он имеет право по собственному усмотрению председательствовать на заседаниях Правительства, акты которого могут быть отменены Президентом и т.д.
Конечно, нельзя сказать, что Правительство РФ ни в какой мере не зависит от Федерального Собрания. Выше уже говорилось о необходимости получения согласия Государственной Думы на назначение Председателя Правительства. Согласно ч. 1 ст. 103 и ч. 3 ст. 117 Конституции РФ, Государственная Дума может выразить недоверие Правительству большинством голосов от общего числа депутатов. Но Президент РФ, вопреки нормам парламентарной республики, может и не согласиться с таким решением Государственной Думы, а если последняя в течение трех месяцев повторно выразит недоверие Правительству, то Президент либо объявляет об отставке Правительства, либо распускает Государственную Думу. То же происходит тогда, когда Председатель Правительства сам поставит вопрос о доверии Правительству.
