Для системы органов исполнительной власти характерен принцип централизации, т.е. подчиненности нижестоящих органов вышестоящим. Он вытекает из единства данной системы, когда объем полномочий каждого органа исполнительной власти четко очерчен законодательством. Вне пределов ведения Российской Федерации и ее полномочий по предметам совместного ведения Федерации и ее субъектов последние обладают всей полнотой государственной власти (ст. 73 Конституции). Принцип централизации имеет большое созидательное значение, ибо в таком многонациональном государстве, как Россия, система органов исполнительной власти, закрепленная Конституцией, законами и указами Президента, является важнейшей гарантией против центробежных устремлений некоторых местных «элит».
В то же время в ряде случаев законодательство предусматривает сочетание централизации и децентрализации, что организационно обеспечивается системой двойного подчинения объектов управления, т. е. подчиненности по вертикали и горизонтали. Подчинение по горизонтали позволяет соответствующим органам исполнительной власти учитывать местные (региональные) условия и особенности при осуществлении своей деятельности.
Не утратил своего значения, хотя и стал менее акцентированным, принцип плановости в деятельности органов исполнительной власти, являвшийся важнейшим в период существования СССР. В условиях перехода к рыночной экономике сфера плановости выражается в разработке программ развития отраслей и сфер народного хозяйства, прогнозировании хода экономической реформы, расчетах наиболее эффективного использования трудовых, материальных и финансовых ресурсов, определении целей и задач деятельности различных органов исполнительной власти, установлении госзаказа на наиболее значимую продукцию, предоставлении по единому плану льготных кредитов. Таким образом, в целом планируются управленческие акции по наиболее приоритетным укрупненным позициям.
