Каждый орган исполнительной власти имеет внутреннюю структуру, территориальный масштаб деятельности и компетенцию.
Внутренняя структура органа исполнительной власти включает в себя руководителя и его заместителей, коллегиальный орган управления и работников аппарата (структурные и другие подразделения).
Руководитель устанавливает полномочия своих заместителей и распределяет обязанности между ними, утверждает структуру, положения о структурных подразделениях и штатное расписание аппарата в пределах установленной численности работников и фонда оплаты труда. Так, Президент утверждает укрупненную структуру подразделений своего аппарата, устанавливает численность работников и месячный оклад. Правительство утверждает структуру федеральных органов исполнительной власти, численность и месячный фонд заработной платы управленческого персонала. И так — «сверху» «вниз» на федеральном и региональном уровнях управления.
Коллегиальный орган (коллегия, совет) оказывает существенное влияние на деятельность органа исполнительной власти. Коллегии создаются во всех министерствах, ведомствах, других органах управления. Коллегия рассматривает основные вопросы деятельности органа исполнительной власти. Ее решения проводятся в жизнь, как правило, приказами руководителя. Решения эти носят рекомендательный характер, но, будучи объявленными актами руководителя органа (например, указом Президента — решение Совета Безопасности), императивны.
